Eclipse import Probleme

Hallo.

Ich versuche ein bestehendes Projekt das in mehreren Verzeichnissen 
aufgeteilt ist in Eclipse (CDT) rein zubekommen.
Es geht um ein reines C Programm mit einem Make-File.
Ich darf auch nichts an der Datei Struktur ändern.

Irgend was mache ich Falsch, ich habe immer alle Dateien drin. Ich meine 
auch die Dateien die zwar noch in den Verzeichnissen drin sind, aber 
nicht mehr zum Projekt gehören. Außerdem sind angeblich alle Header in 
Projekt aber es wird nichts daraus gefunden und sie werden auch so 
gekennzeichnete.

Kann mir da Jemand hier helfen oder gibt es dafür eine gute Anleitung?

Viele Grüsse, Peter