Einstellung Fuses AVR-Prog

Hi,
kurz und knapp.

Benutze AVRProg
Ich hab nen bootloader und ne user-application.
beides kann ich in den uC laden und funzt... aber nicht zugleich !?!?
schreib ich das eine , ist das andere wech und umgedreht.
geht das überhaupt, dass man nur nen Teil des Flashs schreibt und wenn
ja, welche von den Fuses muss ich dann einstellen?
(hab schonmal "rumprobiert" .. naja .. sonst wär ich ja nicht hier)

BTW
das Ponyprog funzt gut oder ? welche ISP benutzt ihr erfolgreich?

Caio
Uwe