MSP430 Timer_A Overflow und PWM

Moin,

ich versuche mit einem MSP430F1121 und dessen Timer A einen 
RC-Drehzahlsteller zu programmieren.

Das Impulssignal des RC-Empfängers ist 900-2100 ms lang.
Der Motor soll mit einer PWM-Spannung von min 1Khz laufen.

Timer A lauft mit 1MHz im Up-Mode bis CCR0 = 1000
CCR1 soll den Impuls messen.
CCR2 sorgt im Outputmode 7 für die PWM des Motors.

Weil der Timer bei der Messung mehrfach überlaufen kann zähle ich in 
einer zusätzlichen Variable die Timerüberläufe für die Zeitmessung.
Das klappt so weit schon mal, nur eben nicht wenn der Timerüberlauf mit 
dem Impuls zusammen auftritt.
Habe schon alles was mir einfällt ausprobiert, z.B. die Interruptflags 
des anderen Interrupts bei Ausführung mit abzufragen. Bisher hat aber 
nichts zuverlässig funktioniert. Jemand einen Tip für mich?

Quelltext im Anhang