Bau sie dir doch auch einfach selbst dann. Wenn du auf dem System,
wo du compilierst, keine libusb hast, dann wird sie auch nicht mit
eingebunden (genau das war Eric Weddington ja beim WinAVR passiert).
Vielleicht schreibt Martin ja mal seine Vorgehensweise beim
Compilieren mit MinGW hier auf, er war damit inzwischen erfolgreich.
Ansonsten: die libusb selbst zerschießt dir sicher nicht den USB-
Stack, wenn überhaupt, wird es einer der beiden möglichen Treiber
sein. Du könntest dir also einfach eine libusb-win32.dll (oder
wie auch immer sie genau heißt) mit hinlegen, damit das AVRDUDE
startet, es wird dann bei der Suche nach USB-Geräten (die nur
angestoßen wird, wenn man irgendwas wie -P usb angibt oder USB
die Standardschnittstelle für einen bestimmten programmer ist)
einfach nur keine Geräte finden können.