PICKit 2 Clone Ladungspumpe Problem

Guten Morgen

Wie wohl schon so manch anderer, habe ich einen PICKit 2 Clone gebaut, 
den ich direkt auf meinem eigenen Developmentboard integriert habe. 
Dafür habe ich einige kleine Modifikationen vorgenommen um zb. die 
Port's RB6 und RB7 während dem Programmieren von den Peripherien 
abzutrennen.

Das ganze funktioniert eigentlich fast Fehlerfrei, wäre da nicht das 
eine kleine Problem...

Folgende Situation:
Wenn ich mein Board über USB Betreibe, messe ich am Pin MCLR des 
PIC16F887 erstmal 4,7 Volt. Ist ja auch korrekt. Sobald ich MPLab öffne 
und mich dann mit meinem PICKit 2 Clone Verbinde (PIC18F2550) messe ich 
am Pin MCLR des Maincontrollers noch 53mV.
Wenn ich nun den Programmiervorgang starte springt die Spannung am MCLR 
Pin für einen kurzen Moment auf irgendwas mit 10,XX Volt, soweit alles 
korrekt.
Nun der hacken: Ist der Programmiervorgang abgeschlossen, messe ich am 
MCLR Pin nach wie vor 53mV. Egal wie ich mit meinem DIP Switch 
Rumspiele, es ändert nichtsmehr. Bei einer Spannungs von 53mV 
Funktioniert der Controller leider nicht. Ich muss dann immer erstmal 
mein USB Kabel entfernen und neu einstecken, was mit der Zeit extrem 
mühsam ist.

Vor ein paar Tagen ist mir dann aufgefallen, sobald ich mit einer 
Speisung einfach mal 5V an MCLR halte, funktioniert der Controller ohne 
das ich irgendwas an den DIP Switches umstellen musste.

Nun stellt sich mir folgende Frage:
Lief bei meiner Modifikation irgendetwas schief, dass die Spannung nach 
dem Programmieren nicht mehr auf 4,7 Volt zurück geht?

Bin gerade im zweiten Lehrjahr und die ganze Schaltung scheint doch 
komplexer zu sein als ich dachte, also frage ich mal hier nach.

Bitte ausschliesslich Antworten mit Begründungen, damit ich es auch 
nachvollziehen kann.... schliesslich will ich ja etwas dabei Lernen.

Danke für eure Bemühungen!

Hoffe mal das Schema ist lesbar...