STK600 mit Routingcard?

Hallo zusammen

ich hoffe ihr könnt mir helfen.

ich hab ein stk600 mit einer TQFP64 socketcard mit einer 64Pin 
routingcard.

So zu meinen Problem wenn ich meine 100Pin Routingkarte mit dem 
ATMega2560 kann ich ohne problem Programme drauf spielen und die LED´s 
leuchten.

wenn ich jetzt das gegen die Socketcard mit AT90usb1286 und der routing 
card austausche. und eine Programm drauf spiel leuchtet nichts aber das 
ist das ganz gleiche Programm.

Das kommische ist das ich den AT90USB nur mit JTAG programieren kann und 
nicht über das STK600 und ISP da kommt immer eine fehlermeldung."das ich 
die steckbelegung prüfen soll!!!".

Noch eine frage wie weiß ich wie rum der controller in den Socketcard 
rein kommt da seh ich keinen punkt?

danke schon mal für die hilfe