Atmega1284p Timer Counter Problem

Hallo zusammen,

ich versuche verzweifelt einen Counter am Atmega1284p einzustellen.
Ich möchte einen Counter einstellen, welcher ca. alle 1us in 
TIMER0_OVF_vect springt und eine Variable "counter" hochzählt. Das 
funktioniert auch soweit. Nun möchte ich im Hauptprogramm eine Abfrage, 
welche den Timer deaktiviert, sobald die Variable "counter" > X ist.

Das Deaktivieren funktioniert aber nicht.
Der Timer bleibt ständig an.

do{
    N++;
} while( counter < T );

Die while Bedingung greift nicht. Es funktioniert aber komischerweise, 
wenn ich in die do Schleife ein _delay_us(100); einbaue.

Ich hoffe mir kann jemand von euch weiterhelfen!

Hier der Code:

#ifndef F_CPU
#define F_CPU 16000000UL                          // Controller CPU 
Frequenz
#endif

#include <avr/io.h>
#include <math.h>
#include <util/delay.h>
#include <string.h>
#include <avr/interrupt.h>
#include <stdlib.h>
#include <avr/interrupt.h>

extern void uart_init(uint32_t UBRR_VAL);                  //UART 
Initialisierung
extern void uart_puts (char *s);                      //UART String 
senden
extern void uart_gets( char* Input );                    //UART String 
empfangen
extern void uart_putc( char c );                      //UART Char senden

unsigned long counter;
unsigned long T;          //Zeitintervall in us
unsigned long N;          //Anzahl der Impulse
char Ergebnis[10] = "";
static int32_t UBRR_VAL;

int main(void){
  UBRR_VAL =25;
  uart_init(UBRR_VAL);

  T = 1000;
  TCCR0B |= (1<<CS01);  //Prescaler 8
  TCNT0 = 254;        //Counter vorladen

  N = 0;
  counter = 0;
  uart_puts("start");
  TIMSK0|=(1<<TOIE0);      //Enable Counter
  sei();            //Enable Interupts


  do{
    N++;                                 //Taktzähler um 1 erhöhen
  } while( counter < T );


  cli();
  TIMSK0|=(0<<TOIE0);      //Disable Counter
  uart_puts("ende");
  counter = 0;  //Counter zurücksetzen

  itoa(N, Ergebnis, 10);
  strcat (Ergebnis, ";");
  uart_puts(Ergebnis);



}

ISR(TIMER0_OVF_vect) {
  counter++;
  TCNT0 = 254;
}