Das wird, wenn überhaupt nur für die Frequenz funktionieren nicht für
den DC, und auch nur für Phasengleiche PWM Signale. Habe ich so selber
noch nicht probiert, wenn da jemand andere Informationen hat möge er
mich korrigieren. Normalerweise nutzt man eben einen Timer pro PWM. Was
vermutlich funktioniert ist den Timer so einzustellen das er auf beide
flanken reagiert und zusätzlich noch einen free running Timer zu nutzen
um zu zählen und dann die Differenz im Interrupt in Software zu machen
(hier muss auch auf den Überlauf geachtet werden). Alternativ kann man
das vermutlich auch mit einem Pin-Change Interrupt und einem Timer
machen. Beide Methoden werden aber eine vergleichsweise höhere CPU last
erzeugen und der Jitter deiner Messung wird größer. vermutlich wird je
nach Frequenz auch das Ergebnis ungenauer.
Gib doch mal ein paar mehr Infos. Welche Frequenz soll gemessen werden,
ist die Frequenz konstant und wenn nicht wie groß ist der
Frequenzbereich. Muss der DC gemessen werden.