Mega16 und 8MHz

Hallo,

ich programmiere einen AVR Mega16 per JTAG (Dragonboard). Gesteuert wird 
das ganze durch WinAVR, dort habe ich einen Button für "Make all" und 
zum Programmieren per Dragonboard. Das Makefile dazu hat mal jemand 
passend zusammengestelltder jetzt nicht mehr verfügbar ist. Das 
funktioniert alles, nur habe ich den verdacht dass beim programmieren 
von jungfräulichen uC die Fuses nicht auf 8MHz interen RC Takt gestellt 
werden.
Wie kann ich das per JTAG auslesen, bzw. von Hand nachholen? Per ISP 
habe ich das immer per Ponyprog gemacht, aber diesmal komme ich nur per 
JTAG ran weil das die einzige Schnittstelle nach außen ist.
Bei einem kurzen Test mit dem AVR Studio habe ich das Dragonboard nicht 
zum laufen bekommen, obwohl es mit WinAVR geht. Weiß jemand was das sein 
kann?

Randy