AVR32 Studio zerstört Projekte beim importieren

Hallo,

ich habe ein AVR32 Studio 2.6 installiert (Win 7 x64, Problem tritt aber 
auch unter Vista x64 und Linux x64 auf, 32 bit System hab ich keins 
mehr...).
Wenn ich jetzt ein Projekt anlege und kompiliere funktioniert alles 
wunderbar. Kann auch meinen Controller flashen und debuggen.
Checke ich das Projekt allerdings in mein CVS ein, und in einem anderen 
Workspace wieder aus, dann kompiliert nix mehr (Fehlende Header etc.). 
Am CVS liegt es vermutlich nicht, auch wenn ich das Projekt als Archiv 
exportiere und wieder in einen anderen Workspace importiere habe ich das 
gleiche Problem.

Kennt das sonst noch jemand? Ideen?

Danke schon mal, ich bin langsam am verzweifeln... :(