Geschwinigkeit messen (atmega8)

Hallo,
ich versuche über eine Zeitmessung mit dem 16 Bit timer meines atmega 8 
im Endeffekt auf die Geschwindigkeit zu kommen. Vorerst messe ich nur 
einmal die Zeit. Die Messung soll über 2 lichtschranken geschehen.
Jetzt hab ich aber das Problem dass das ganze recht ungenau ist.
Ich erklär mal wie ich es gemacht habe:
Zwei Lichtschranken, beide lösen bei der fallenden Flanke an den Pins 
INT1 und INT0 einen Interrupt aus, der erste Interrupt schaltet den 
Timer ein, der zweite Interrupt schaltet den Timer aus. Damit ich eine 
schöne Flanke bekomme verwende ich eine LM339(komperator).
Bei jedem Overflow wird die Variable i um eins herhöht, bei der 
Berechnung zähle ich dann i mal die zeit eines Timerdurchlaufes dazu.

Mein Problem, wenn ich den zweiten interrupt auslöse(zeitmessung 
fertig,timer stoppen), dann bleibt der Timer anscheinend nicht sofort 
stehen, sprich ich sehe am LCD dass sich die Zeit noch im ca 
Zehn-Millisekundenbereich ändert. Teilweise noch eine halbe Sekunde 
nachdem auslösen der Lichtschranke.
Ich würde gerne sehr genau messen, sprich am liebsten auf 10-100us.

Jetzt meine Fragen: :)
Ist das so wie ich es mir gedacht habe eine gute Lösung?
Geht es einfacher / besser?
und was könnte ein Grund dafür sein warum ich ungenau messe? Die Flanke 
nicht "genau" genug? oder sind die INT0/1 pins ungeeignet?

Freue mich über jede Anregung/Kritik.
Vielen Dank im voraus !

code:

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char ausgabe[30];

2

float timerwert;

3

volatile unsigned int i = 0;

4

float takt = 0.000000125; // Taktdauer bei 8MHz

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float time;

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int port;

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8

int main(void)

9

{  

10

   sei();  // Global Interrupts aktivieren

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  //***Interrupts initialisieren***

13

  GIMSK = (1<<INT1)|(1<<INT0);  //Pin INT0 und INT1 werden enabled

14

  MCUCR = (1<<ISC11)|(0<<ISC10);  //Die Fallende Flanke an Pin INT1 erzeugt einen Interrupt und der timer wird ausgeschalten

15

  MCUCR = (1<<ISC01)|(0<<ISC00);  //Die fallende Flanke an Pin INT0 erzeugt einen Interrupt und der timer wird eingeschalten

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  lcd_init();

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        while(1)

20

        {

21

         timerwert = TCNT1;

22

         time = (i*65536.0*takt)+(timerwert*takt);

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24

          sprintf(ausgabe, "%f", time);      //Ausgabe  

25

          lcd_clear();

26

          lcd_string(ausgabe);

27

          _delay_ms(100);

28

        }

29

}

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31

    ISR (TIMER1_OVF_vect)

32

    {i = i+1;}

33

34

    ISR(INT0_vect)  //timer einschalten

35

    {   TCCR1B = (0<<CS11)|(1<<CS10);

36

        TIMSK |= (1<<TOIE1); //overlow interrupt erlauben

37

    }

38

39

    ISR(INT1_vect)  //timer ausschalten

40

    {   TCCR1B = (0<<CS11)|(0<<CS10);

41

        TIMSK |= (0<<TOIE1);

42

    }