Modulation der Impulsweite einer eingelesenen Frequenz

Hallo zusammen!

Ich habe ein Problem bei der Programmierung meines atmega48.
Mit einem Frequenzgenerator lese ich eine Frequenz ein und gebe diese 
wieder moduliert an einem Pin aus. Mit einem Oszi überprüfe ich die 
Ausgabe.

Das Problem ist, dass das längere LOW-Signal, dass an PORTB PIN2 gewählt 
werden kann, nicht kontinuierlich ausgegeben wird.
Jeder dritte LOW-Pegel ist nur ca. 1/4 so lang, wie er eig sein sollte.
Ich hoffe ihr könnt mir weiterhelfen. Der Code befindet sich im Anhang.

Viele Grüße!!