FT232RL Bus powered Betreiben und trotzdem zusätzliche 5V Quelle

Natürlich geht das. Du musst nur irgendein gemeinsames Bezugspotenzial 
schaffen. Da bietet sich natürlich GND an.

Außerdem musst du noch sicherstellen, ob die Schaltkreise leicht 
überhöhte Spannungspegel an den Logikeingängen verkraften. Die Spannung 
am USB-Port darf um 10% schwanken. Das liegt gerade noch im Rahmen des 
AVRs. Wie es beim FT232 aussieht, verrät das Datenblatt. Zur Not mit 
Z-Dioden begrenzen.

Der Chip hat doch eigene VCCIO Spannungsversorgung und VCC 5.25V (max 
6V) Operating Voltage.
Damit und gemeinsamer Masse muss das gehen

Ich finde zwar im Datenblatt keine Hinweise dazu, was passiert, wenn nur 
der UART-Teil versorgt wird (USB abgesteckt), aber wenn es dich nicht 
stört, dass dieser immer versorgt wird, ist das vermutlich die 
eleganteste Lösung.

Du könntest auch die Spannung erst dann durchschalten, wenn die 
Schaltung tatsächlich am USB angeschlossen ist.

Ich spare ja auch gerne Strom in meinen Schaltungen.

Aber als ich auf die folgenden Worte im Datenblatt des FT232R gestoßen 
bin "nominal USB suspend mode current of 70μA" habe ich da keine sekunde 
mehr mit nachdenken über alternativen verschwendet. ;-)