AVR32 Projekt mit makefile erstellen

Hallo,

ich hab ein AVR32 Projekt mit dem AVR Studio 5 erstellt. Wen ich das 
Projekt erstelle generiert das AVR Studio eine makefile und ein 
makedep.mk.
Gibt es eine Möglichkeit das Projekt über die Konsole mit Hilfe von 
"make" zu erstellen? Ich bin über die Konsole in das Verzeichnis 
gegangen und hab da versucht den make Befehl auszuführen.
Dann erhalt ich allerdings immer folgenden Fehler.
make: Error -- Configuration file `/etc/startup.mk' not found

Hintergrund der ganzen Sache ist das ich mit einem eigenem Programm 
einige C Files verändere und danach von diesem Programm das Projekt neu 
erstellen möchte.

Ich bin für jede Hilfe dankbar.

Gruß
Christian