Analog-Digital Wandler

Hallo,
ich, als ziemlicher Neuling auf dem Gebiet der Mikrocontroller,
wollte mich nun an den ADC ranwagen.
Dazu laß ich auch ein Tutorial, in dem der ADC kurz erklärt wurde.
Nun stellt sich mir folgende Frage:

In besagtem Tutorial wurde die Wandlung eines Analogwertes gezeigt.
Wie muss das ganze Aussehen, wenn ich zwei analoge Eingänge haben möchte 
und den Rest der Bank als digitale Ausgänge betreiben möchte?
Geht das so einfach oder muss ich zb. abwechselnd die beiden 
Analogeingänge abfragen?

Mikrocontroller: Atmega644
AREF: 5V
Analogsapnnung: etwa 0-5V

Gruß