Uhrenquartz mit 32,768 kHz

Kann nicht gehen. Dein Prozessor unterstützt keine Uhrenquarze.

Hast du den "normalen" Quarz auch ohne Kondensatoren angeschlossen?

Es handelt sich um einen ATmega 16. Nein den normalen Quartz auf xtal 1 
und 2 ist mit 2 condensatoren verbunden.
Außer Löten habe ich noch Timer 2 im Programm konfiguriert
ASSR = 0b00001000;
TCNT2 = 0b10000000;

mfg Philipp

Hast du den irgendwelche Debugmöglichkeiten? Im Idealfall ein 
Oszilloskop :). Damit könntest du erst einmal prüfen, ob der Quarz 
fröhlich vor sich hinschwingt. Dann wäre der Rest nämlich eine 
"Fehlkonfiguration".

Mit den bisherigen Angaben jedenfalls kann es von "Verdrahtungsfehler" 
bis zur Software hin so ziemlich alles sein.