Wohin mit dem Variablendefinitionen für gute Struktur/Ordnung

Du musst das Programm in mehrere Module (C-Dateien) aufteilen. In Deinem 
Fall beispielsweise eins für UART, eins für die Tasten, eins für den 
ADC, eins für den Timer und eins für das Hauptprogramm. Die Module 
sollten möglichst in sich geschlossen sein, also eine bestimmte, klar 
abgrenzbare Teilaufgabe lösen.

Die Variablen und ISRs kommen in das Modul, in dem sie gebraucht werden. 
Der Datenaustausch zwischen den Modulen findet nur über Funktionen statt 
und nicht über globale Variablen.

Wie das Aufteilen in mehrere C- und H-Dateien funktioniert ist hier gut 
beschrieben:
http://www.mikrocontroller.net/articles/FAQ#Header_File.2C_wie_geht_das.3F

Martin schrieb:

> dann sind teilweise in den Funktionen ein paar
> Variablen verstreut, auf die aber auch wo anders zu gegriffen wird, etc.

Das kann nicht sein.
Variablen innerhalb gehören zur Funktion und sind auch nur innerhalb 
dieser Funktion sichtbar. Das ist ja der ganze Witz an funktionslokalen 
Variablen!
In

1

void foo()

2

{

3

  uint8_t i;

4

5

  for( i = 0; i < 10; i++ )

6

    mach irgendwas

7

}

8

9

void foo()

10

{

11

  uint8_t i;

12

13

  for( i = 0; i < 8; i++ )

14

    mach noch was

15

}

sind das i in foo() und das i in bar() 2 völlig verschiedene Variablen, 
die nichts miteinander zu tun haben. Sie haben zufällig den gleichen 
Namen, aber das stört nicht weiter, da keine der beiden Variablen 
ausserhalb seiner Funktion sichtbar ist. D.h. wenn ich i in foo() 
manipuliere, dann hat das keinerlei Auswirkungen auf das i in bar(). 
Ganz im Gegenteil. In dieser Konstallation gibt es keine Möglichkeit, 
gewollt aus der einen Funktion die Variable der anderen Funktion zu 
manipulieren. D.h. im Umkehrschluss: Wenn ich eine Funktion schreibe, 
dann kann ich dort lokale Variablen erzeugen (die beim Funktionsaufruf 
erzeugt werden und beim Verlassen der Funktion wieder verschwinden), 
ohne dass ich mir darüber Gedanken machen muss, dass ich absichtlich 
oder unabsichtlich irgendwelche funktionslokale Variablen anderer 
Funktionen verändere. (Durch schwere Programmfehler gelingt das 
unabsichtlich, allerdings nicht gezielt und eher zufällig).