Du hast doch ein STK500. Das kannst Du nicht mit der Arduino-Oberfläche
ansteuern. Dein Projekt kannst Du mit der Arduino-Software kompilieren.
Du bekommst eine .hex-Datei dabei heraus (und evtl. eine .eep-Datei,
wenn
Du auf dem EEprom herumgefuhrwerkt hast)
So, jetzt öffnest Du das AVR-Studio und sagst dort:
Tools->Programm AVR ->Connect
Dort wählst Du das STK500 und den Anschluß, an dem es hängt.
Dann stellst Du den richtigen Kontroller-Typ ein: Atmega2560
WICHTIG: Nun liest Du als ERSTES die Signatur Deines Atmega2560.
Drunter kommt dann die Meldung vom Programm:
"Signatur matches selekted Device"
Wenn das nicht passiert: Nicht weitermachen, das gibt Schrott sondern
den Anschlußfehler suchen
Nun navigierst Du im Fenster "Program" zu der .hex-Datei, die Du mit
der Arduino-Oberfläche erzeugt hast und brennst diese.
Die Fuse-Bits kannst Du dann unter "Fuse" einstellen.
LIES IN RUHE die Menüauswahl bei den Fuses, bevor Du "abdrückst"
MfG Paul