Warum wird ein XOR nicht als ein Gatter implementiert?

weil im FPGA nur LookUpTables und FlipFlops drin sind, und das darauf 
gemappt wird, somit ist die zwischendarstellung, die du anschaust egal

Ja das ist mir schon klar, nur hab ich angenommen, wenn es im RTL 
Schaltplan als drei Gatter dargestellt wird, dass auch drei logikzellen 
mit je einer lookup table und einem flipflop verwendet werden. Ist dem 
nicht so?

Nein, das RTL-Viewer ist nur ne gepimpte Darstellung der Netzliste. Das 
hat nichts mit der späteren Implementierung zu tun (außer dass die 
Schaltung funktionell identisch ist). Bevor das im FPGA landet, 
passieren noch ne Menge Dinge. Logikoptimierung, mappen der Bauteile auf 
tatsächlich im FPGA vorhandene, etc...

Bei Quartus könntest du dir den technologie map viewer verwenden, und 
die tatsächliche Schaltung zu sehen. Bei Xillinx gibts bestimmt was 
ähnliches.

Wie ja schon beschrieben wurde, ist die RTL-Darstellung nur eine 
Umsetzung dessen, was du in VHDL beschrieben hast, auf Schaltplan-Logik.
Im FPGA selber gibt es keine "Gatter", sondern Lookup-Tables.
Diese haben in der Regel n Eingänge und einen Ausgang. Die Synthese 
fasst dann die Logikfunktionen, die du beschrieben hast, zusammen, 
optimiert sie nach den boolschen Regeln und bildet daraus eine 
Wahrheitstabelle. Diese Tabelle wird in die Lookup-Table (LUT) abgelegt.

Du kannst auf die Umsetzung nur sehr eingeschränkt Einfluss nehmen, aber 
das ist auch gar nicht notwendig. I.d.R. macht die Synthese das schon 
alles recht gut.

Btw: Ich finde es sehr gut, dass du dir als Einsteiger die Ergebnisse 
der Synthese anschaust. So bekommst du ein Gefühl dafür, was aus deinen 
VHDL-Konstrukten im FPGA wird.