Anfängerprobleme mit Starterkit RZ600 von Atmel

Hallo werte Community,
ich bin Neuling im Themengebiet Mikrocontroller und darf mich im Rahmen 
einer Bachelorarbeit mit dem Starterkit RZ600 von Atmel beschäftigen.

Aufgabenbeschreibung:
Im Detail geht es um den Aufbau einer Funkverbindung zwischen zwei 
AT32UC3A256S Boards über die im Kit enthaltenen RF212/230/231. Die zu 
übertragenen Daten sollen manuell definiert und in einem späteren 
Schritt über einen RZRaven (AT90USB1287) analysiert werden.

Als Hardware habe ich zusätzlich einen USB Debug Adapter von SLabs zur 
Verfügung.

Nach dem herunterladen und lesen der Datenblätter, sowie der Manuals für 
die ersten Schritte, habe ich folgende Software installiert:
AVR Studio 2.4, Atmel Studio 6.2 incl. Flip 3.4.7 sowie das AVR 
Framework 1.3

Probleme:
1)
Nachdem ich eine UC3a Komponente per USB mit meinem Laptop verbinde, 
wird zwar das USB-Gerät, jedoch in der Software Atmel Studio 6.2 kein 
dazu passendes Tool erkannt.
Benötige ich zum programmieren unbedingt einen Atmel ICE, AVR Dragon 
oder klappt das auch einfacher (USB, JTAG) bzw. über den SL USB Debug 
Adapter ?

2) Als Treiber für den AT90USB1287 wird ein Gerät RZ USB Stick erkannt 
und der Treiber dafür installiert. Leider wird das Gerät dann mit Flip 
3.4.7 nicht erkannt - was mache ich hier falsch ?

3) Generell habe ich zwar einiges an Infos im Netz gefunden, jedoch tue 
ich mich schwer die ersten Hürden zu umschiffen, über grundsätzliche 
Anfängerratschläge würde ich mich also auch freuen.

Bereits vorab herzlichen Dank für die Antworten.

Viele Grüße
Markus