Problem mit Timer1 Atmega32

Hallo,

ich Arbeite in C mit einem Atmega32 mit Atmel Studio6 und will einen 
einstellbaren Taktgenerator bauen.
Diesen tue ich über einen Drehimpulsgeber steuern.

Jetzt mein Problem:
Es funktioniert alles einwandfrei, nur jetzt möchte ich gerne die Werte 
des Drehimpulsgebers benutzen um einen Pin eine bestimmte Zeit auf High 
und Low zu schalten.

1

ISR( TIMER1_COMPA_vect)

2

{

3

  SecTakt++;

4

  if(SecTakt >= Frequenz)

5

  {

6

    SecTakt = 0;

7

  }

8

  if(Impuls >= SecTakt)

9

  {

10

    PORTB = PORTB|(1<<LED);

11

  }

12

  else

13

  {

14

    PORTB = PORTB &~(1<<LED);

15

  }

Wenn ich hier die Variabeln Frequenz und Impuls mit eine zahl beschreib 
wird dies auch dementsprechen ausgegeben und SecTakt geht bei  erreichen 
des Frequenzwerts wieder auf Null und beginnt von vorne zu zählen.
Aber wenn Frequenz durch den eingestellten Wert des Drehimpulsgebers 
gewählt wird dann zählt SecTakt durchgehend hoch.

Ist irgendwie ein bisschen blöd zu beschreiben das Problem.
Hoffe aber ihr versteht es und könnt mir eventuell helfen.
schon mal Danke ;)