Wie bereits richtig gesagt wurde, soll der Timer ja weiter laufen,
ansonsten hättest du als echte Frequenz die Zeit zwischen den Interrupts
plus die Zeit während der der Interrupt gestoppt ist (ausser du
berechnest die Stopdauer und rechnest das auf den Reloadwert um, aber
das macht keinen Sinn).
Da du nicht schreibst welchen Controller du verwendest:
Es gibt frühe Controllerarchitekturen, bei denen der Timer manuell
nachgeladen werden muss, z.B. Timer 0/1 im 16-Bit-Modus beim 8032.
Hier tritt dann der Effekt auf, dass zwischen auftreten des Interrupts
und Einsprung sowie Sichern der Register auch noch ein paar Takte
verloren gehen.
In dem Fall würde man den Timer stoppen, den Reloadwert aufaddieren und
die Takte die für die Addition benötigt werden abziehen.
Das verlängert zwar die ISR etwas, aber es sorgt dafür dass es ein
vollwertiger Timer auch im 16-Bit-Modus wird (im 8-Bit-Modus gibt
HW-AutoReload).
Ralf