Wie ist der Controller beschaltet? Hat er einen externen Quarz? Im 
Auslieferungszustand arbeitet er zwar mit internem Oszilator, aber wenn 
man sich bei den Fuses verhaut, dann stellt er sich hinterher halt tot.
Außerdem, solange die Fuses noch nicht gesetzt sind, kommuniziert er 
über ISP schnarchlangsam. Kann sein, das er auf zu hohen Takt dann 
garnicht antwortet.
Beim USBasp gibt es dafür einen Jumper, um die Kommunikation per ISP 
langsamer laufen zu lassen. Keine Ahnung, welche Optionen der Polulu da 
bietet.
Übrigens, guck dir mal eXtremeburner an. Da muß man sich nicht auf der 
Kommandozeile rumquälen und hat noch einen Hex-Editor mit drin.