Wie kann man ein Bootloader für ein USB Stick programmieren ?

Hallo und zwar habe ich eine Frage: Ich bin gerade am programmieren 
eines Betriebsystems.

Zum Thema :

Das Betriebsystem basiert auf MikeOS und dort wird es in einer 
Virtuellen Maschine mit einer Virtuellen Diskette gemacht. Irgendwie in 
dem man auf einem Bestimmten Sektor auf der Diskette den Bootloader 
drauf macht und dieser dann den Kernel startet.

So jetzt zu der Frage:

Wenn ich jetzt das Betriebsystem auf einen USB machen will dann ist da 
ja das Problem dass man keine Sektoren hat und somit da auch nix drauf 
schreiben kann ! Also bräuchte ich nun etwas das automatisch den Kernel 
auf dem USB startet wenn man das Betriebsystem booten will.

Weiteres:

Das Betriebsystem bzw der Kernel ist in Assembler geschrieben und die 
Datei dazu heißt "Kernel.bin" ich bräuchte bitte eine Möglichkeit um den 
Kernel automatisch zu starten :D Danke schonmal im vorraus !
Und er währe wünschenswert wenn ich dann noch die Dateien verändern 
könnte