Bootloader auf 32u4 mit AVRISP MKII

Moin Leute,

folgendes Problem:
Ich habe mir eine Leiterplatte entworfen, die einen 32u4 beherbergt. 
Ansonsten befinden sich lediglich ein paar Schalter und LEDs auf der 
Leiterplatte. Also absolut trivial.
Ich habe diese Leiterplatte nun (ohne Schalter und LEDs) bestückt und 
per USB an einen Rechner angeschlossen. Der 32u4 wird als "A32U4DFU" und 
als HID Device erkannt. Daraus schließe ich, dass sowohl der Oszillator 
läuft (habe ich auch mit einem Oszi gegen gecheckt) als dass auch mein 
Design richtig ist.

Da ich keinen Erfolg mit "Arduino as ISP" hatte, habe ich meinen AVRISP 
MKII rausgekramt, Atmel Studio 7 installiert und die Leiterplatte über 
ISP (ich habe eine entsprechende Schnittstelle auf der Leiterplatte 
vorgesehen) mit dem AVRISP verbunden. Beide LEDs im AVRISP leuchten grün 
=> gutes Zeichen.
Ich öffne ATMEL Studio, gehe auf Device Programming, wähle dort den 
AVRISP und danach den 32U4 aus. Funktioniert wunderbar.

Als nächstes wähle ich unter "Memories" einen Bootloader aus. Ich habe 
diverse probiert. Unter anderem auch den ProMicro von Sparkfun als auch 
die originalen Leonardo aus dem Arduino-Paket. Beide lassen sich ohne 
Fehlermeldung auf den 32U4 aufspielen. Auch beim Verify gibt es keine 
Probleme.

Aber: Wenn ich jetzt alles bestöpsel und die Leiterplatte wieder per USB 
an den Rechner schließe passiert genau gar nichts. Es wird kein neues 
Gerät erkannt. Weder auf Windows, noch auf MAC. Mir gehen langsam die 
Ideen aus, woran das liegen kann. Ich habe auch den Oscillator (16MHz) 
überprüft: Der läuft wunderbar an.

Hat jemand damit Erfahrung und kann mir einen Tipp geben?

Danke euch!

Lg,
Christian