STM32F01RC Input Capture Problem

Guten Tag,

ich habe einen STM32F091RC und möchte ein 5ms Signal via Input Capturing 
erfassen. Für das Progamm verwende ich die HAL-Libary

Für das Input-Capturing verwende ich den Timer14 mit Folgenden 
Parametern:

Clock/Prescaler : 1000 Hz
Counterperiode  : 65535 (16-bit)
Polarität       : Risisng edge

minimale Frequenz = Clock / Counterperiode  = ~0,015 HZ

Ich will nun mit steigender Flanke t1 und mit fallender Flanke t2 
einlesen.
Die Differenz müsste die Einheit ms haben.

Problem:

Ich erzeuge mittels Frequenzgenerator einen Pulse von 5ms breite und 
einer Frequenz von 1Hz.
Bei dem ersten Pulse beträgt die Differenz 5, was 5 ms entspricht.
Bei dem zweiten bis n-ten Pulse erhalte ich 1005, was 1005 ms 
entsprechen würde.

Ich erkenne einfach den Fehler nicht, wie ab dem zweiten Durchlauf die 
1005 ms zustande kommen anstatt der 5 ms.

Kann mir wer dabei weiterhelfen?

void HAL_TIM_IC_CaptureCallback(TIM_HandleTypeDef *htim)
{
// check interrupt source
if (htim->Channel == HAL_TIM_ACTIVE_CHANNEL_1)
{
  if (Is_First_Captured==0)  // rising edge detected?
        {
           // capture rising edge value
     IC_Value1 = HAL_TIM_ReadCapturedValue(htim, TIM_CHANNEL_1);
     //set polarity as rising edge
           __HAL_TIM_SET_CAPTUREPOLARITY(&htim14,TIM_CHANNEL_1,
                 TIM_INPUTCHANNELPOLARITY_FALLING);
     Is_First_Captured =1;  // set the first value captured as true
  }
  else if (Is_First_Captured==1)  // falling edge detected?
  {
           // capture falling edge value
     IC_Value2 = HAL_TIM_ReadCapturedValue(htim, TIM_CHANNEL_1);

     if (IC_Value2 > IC_Value1)
     {
                // calculate the difference (normal)
    Difference = IC_Value2-IC_Value1;
     }
     else if (IC_Value2 < IC_Value1)
     {
                // calculate the difference (overflow)
    Difference = IC_Value2 + 0xffff - IC_Value1 + 1;
     }
     else
     {
          Error_Handler();
     }
           //set polarity as falling edge
     __HAL_TIM_SET_CAPTUREPOLARITY(&htim14,TIM_CHANNEL_1,
              TIM_INPUTCHANNELPOLARITY_RISING);
     Is_First_Captured = 0;  // reset capturing
  }
}
}