Arduino Tachosignal Wasserkühlungs-Pumpe

Hallo zusammen,
ich hoffe es gibt nicht schon zig Threads zu dem Thema, aber die Suche 
nach: Arduino, Tachosignal, Lüfter hat nichts passendes ergeben. 
Allerdings glaube ich auch, dass das Problem nicht unbedingt im Arduino 
liegt, sondernmeine mangelnden Elektronik Kenntnisse.

Aufgabe: Ich hab eine Wasserkühlung im PC, bei dieser gibt es eine 
"intelligente Pumpe", die eine kleine Schaltung implementiert hat 
(Alphacool vpp755). Diese soll am Anfang die Pumpe mit 12V "hochfahren" 
und wechselt dann automatisch in den 4Pin PWM Modus vom Motherboard. Bei 
meinem Board gibt es einen "Pump" Port, der vermutlich identisch zu den 
4Pin Fan Ports ist.
Allerdings funktioniert das hochfahren nicht immer und das System gibt 
dank der WaKü  im normalfall keinen Mucks von sich, sodass man es erst 
merkt, wenn man selbst aktiv drauf guckt oder die Temperaturen 
explodieren.

Was ich mir überlegt hatte:
Ich habe noch einen Arduino Mega R3, Transistoren und Widerstände 
rumliegen - also dachte ich, ich greife das Tachosignal ab (Y-Splitter) 
und starte die Pumpe mittels Transistor neu, wenn RPM unter Schwellwert 
(1000RPM) (15s aus, dann wieder an, habe ich sonst manuell mit "Stecker 
ziehen" gemacht). Der Arduino selbst bekommt Saft vom PC Netzteil, also 
sollten alle das selbe GND haben (glaube/hoffe ich). Eigentlich 
funktioniert auch alles, also das Schalten des Transistors zum Starten 
der Pumpe, Signal LEDs für die verschiedenen Zustände usw. nur die 
Hauptfunktion funktioniert nicht wegen "des Problems".

Problem:
Ich kann nirgends das Tachosignal lesen, sobald der Stecker am Arduino 
(PWM Port12 als INPUT konfiguriert) steckt. Vermutung: "ziehe es wohl 
auf 0" denn auch das MoBo kann es nicht mehr lesen und zeigt 0 RPM, 
obwohl die Pumpe läuft. Sobald ich den Stecker am Arduino Port wieder 
ziehe springt das Signal sofort zurück auf ~2300Rpm.

Was ich gemacht habe, bitte schlagt mich nicht:
1. pulldown mit 10k auf GND
2. pullup mit 10k auf 5v

Beides hilft nicht und mit googeln hab ich nix gefunden, aber weiß auch 
icht wonach ich genau suchen muss. Kann mir irgendwer auf die Schnelle 
helfen, im Sinne eines "Anfängerfehlers" oder so?
Getestet hatte ich vorher die Schaltung und Code mit einem Artic F12 
Lüfter, den ich über ein 12V netzteil mit dem Arudino zusammen betrieben 
hatte. Da war alles ok, daher habe ich die Vermutung, dass es irgendwie 
am Y-Split liegt.
Vielen Dank schon mal und sorry für die Wall of Text, wollte aber das 
Problem möglichst vollständig beschreiben!