zwei verschiedene PCB's verbinden

Das hängt wohl von den Signalen ab, und welche Konstruktion du haben 
willst. Man kann die Tochterplatinen orthogonal draufstecken, oder 
parallel. Bei Analogem zeugs gibts einzelne Koaxstecker, wenns nur 
vereinzelte Signale sind ists vielleicht robuster diese nicht direkt zu 
stecken, sondern mit einer Koax-Leitung. Bei mehreren gibt es auch 3W3 
8W8 Stecker, die mit DSUB Gehäuse 3 bzw 8 Koaxleitungen steckbar machen. 
Für einzelne gibts SMA, SMB, SMC und weitere.

Eine kleine Auswahl hier: http://www.imscs.de/produktfamilien.html?&L=1

Du wirst immer einen Inpedance-Sprung bei der Verwendung eines Steckers 
bekommen. Am besten geeignet ist wohl ein SMD-Stecker, da du durch 
THT-Stecker sogenannte STUBS auf der Rückseite erzeugst. Die Dir 
wiederum Reflexionen einbringen. Wenn Du Dein Singal als Stripline bis 
zum Stecker führst und darauf achtest, das Deine untere GND-Plane nicht 
unterbrochen ist, dürfte es mit dem SMD-Stecker ggv. so klappen. Schau 
mal bei SAMTEC, HIROSE, AMP_Tyco. Die haben Stecker für sowas. Ich 
verwende zur Zeit einen Stecker von AMP für einen COM Express PC 
Anschluss. Der hat ein Raster von 0.5mm und 0.3mm breite PADS. Da gehen 
sowohl die SATA, ETHERNET, PCI und LVDS sowie USB-Signale als 
Differential Pair drüber. Bei dem Stecker scheint das mit der Impedance 
so zu klappen.

Ich krame den Thread grad mal wieder aus.

Ich will eigentlich darauf verzichten meine Module per Flachbandkabel 
mit der Hauptplatine zu verbinden. Welche Platinensteckverbinder gibt es 
denn bei Reichelt oder RS, die Hoch genug sind, dass auch ein Elko oder 
ein Folienkondensator dazwischen passt??

Gruß
Tom