AVRDUDE USB Support Linux

Du musst eine libusb einschließlich deren Headerfiles installiert
haben.  Letztere kommen bei Linuxen leider manchmal in separaten
Paketen daher, die dann "-devel" heißen.  (Weiß der Geier, warum:
Platz spart man in der Regel dadurch nur marginal.)

Falls die libusb nicht in den Standardverzeichnissen installiert
ist (also typischerweise die Bibliothek selbst in /usr/lib und
die Headers in /usr/include), dann musst du noch passende -I und
-L-Optionen in den Umgebungsvariablen CPPFLAGS und LDFLAGS
hinterlegen, bevor du das ./configure aufrufst.

Achte beim configure auf diese Ausschrift:

1

checking for usb_get_string_simple in -lusb... yes

du hast nach dem "make all" aber schon ein "make install" gemacht?
oder wenigstens explizit das frisch compilierte binary verwendet?
also "./avrdude ..."?
ansonsten nimmt er immer das alte, nicht-usb-fähige avrdude aus 
"/usr/bin", auch wenn im aktuellen Pfad ein neueres liegt...

Dann sag uns mal den vollen Satz an Optionen, den du ./configure 
übergeben hast. Und welche Version du dir da runtergeladen hast.

Bei mir reicht bei der Version 5.5 ein

1

./configure --prefix=/usr

2

make

Das Binary hat nacher USB-Support, linkt auch gegen die libusb:

1

# ldd ./avrdude

2

        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff9f7ff000)

3

        libusb-0.1.so.4 => /lib/libusb-0.1.so.4 (0x0000003c56a00000)

4

        libreadline.so.5 => /lib/libreadline.so.5 (0x0000003c58e00000)

5

        libncurses.so.5 => /lib/libncurses.so.5 (0x00000033ef200000)

6

        libc.so.6 => /lib/libc.so.6 (0x00000037fd400000)

7

        libdl.so.2 => /lib/libdl.so.2 (0x00000037fdc00000)

8

        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00000037fd000000)