Stange-Programmierer und Firmware

Der USB-Programmer von Stange Distribution programmiert normale 
hex-Files einwandfrei, aber nicht meinen Bootloader. Fällt dazu jemandem 
was ein?

Die hex-Datei meines Bootloaders führt über Ponyprog/STK200-Klone zum 
gewünschten Resultat (funktioniert), die Kombination 
Stange/STK500-Plugin-AVRStudio-4.16 programmiert die CPU dagegen mit 
derselben hex-Datei nicht richtig: Je nachdem ob ich hex oder elf als 
Quelle verwende, ist der Speicher nach dem Programmieren leer oder der 
Inhalt unterscheidet sich vom korrekten Inhalt.

Gibt es irgendeinen Grund anzunehmen, dass das nicht am Programmer liegt 
(muss man bei dem STK500-Plugin anders vorgehen, also bei Ponyprog, um 
einen Bootloader zu schreiben, gibt es bekannte Fehler beim 
STK500-Plugin)?