Source Insight, GCC, Cygwin und Xilinx

Hallo an Alle,

da ich eine starte Abneigung gegen das Xilinx SDK habe (was auf Eclipse 
basiert) suche ich nach einer alternativen Lösung, den Microblaze zu 
programmieren.
Ich würde ganz gerne den Source Insight Editor verwenden und den GCC 
Compiler dort einbinden. Leider läuft der Microblaze GCC nur unter 
Linux, so dass das ganze über Cygwin laufen muss.
Bisher habe ich es schon hinbekommen, dass der Source Insight ein 
Bash-Skript aufruft und die Sourcen mit dem Makefile, was Xilinx anlegt, 
compilliert.
Meine Frage dazu jetzt:
Wenn ich Sourcen oder Header zum Projekt hinzufüge muss ich jedes mal 
entweder per hand das makefile von Xilinx anpassen oder die Dateien beim 
Xilinx SDK auch hinzufügen, damit diese ins Makefile eingetragen werden.
Gibt es irgendwie eine ander Möglichkeit, so dass ich von dem Xilinx SDK 
völlig unabhängig bin? Das komfortabelste wäre es, wenn ich mit Source 
Insight ein Projekt erstellen könnte und alle Sourcen die ich dort 
hinzufüge auch ins Makefile eingetragen werden. Nur wie macht man sowas?

Lieben Gruß,

Christoph