Timer0 und Timer2 verschiedene Werte.

Hallo zusammen.
Beiliegenden Code habe ich für Übungszwecke zusammengestellt.
Ich will 2 fast identische Zeiten im Bereich von 20 msec. erfassen und 
später auswerten. Nicht die genaue Zeit, sondern nur die Zählerwerte von 
Timer0 und Timer2. Leider macht dies der Code nicht so richtig.
Ablauf soll so sein:
INT0 wird von main freigegeben, INT1 gesperrt. Abfallende Flanke an INT0 
startet den Zähler, die nächste abfallende Flanke stoppt den Zähler 
(true0) und sperrt INT0 und gibt INT1 frei und so abwechselnd.
Lasse ich jede ISR für sich alleine, die andere grundsätzlich gesperrt, 
so entsprechen die gemessenem Werte den errechneten.
Messe/zähle ich wie oben genannt abwechselnd, so stimmt der Wert von 
Timer2. Der Wert von Timer0 jedoch beginnt  vom Maximum (ca. 3500) bis 0 
usw.
Die Werte lese ich über die ser. Schnittstelle am PC aus.
Wo könnte der Fehler liegen?
Gruss Ewald