Fehlersuche abgerauchter Atmega, Schutzschaltung Eingang

Hallo!
Ich war lange nicht mehr hier aber der Eine oder Andere dürfte sich noch 
an meine Anfängerfragen in meinem Roller-Bordcomputerprojekt erinnern.
Das Projekt ist inzwischen weiter fortgeschritten und der Prototyp lief 
ein paar hundert KM erfolgreich an meinem Roller. Kürzlich zeigte das 
Display dann nur noch ein paar schwarze Blöcke, der Atmega wurde heiß 
und ich hab die Versorgungsspannung weggenommen.
Mein Verdacht ist, dass die Drehzahlmesserschaltung der Übeltäter ist.

Der Aufbau ist simpel. Ich nehme das auf 12V geregelte 
Lichtmaschinensignal, habe eine Diode in Reihe um nur die positiven 
Halbwellen zu erwischen, dann einen kleinen Kondensator zum glätten 
(ging auch ohne, sah mit auf dem Oszi aber schöner aus). Dann ein 
Spannungsteiler um auf ca. 3-4,5 Volt zu kommen (Spannung ist 
Drehzahlabhängig auch mal niedriger oder höher als 12V) und zur 
Sicherheit noch eine Zener-Diode gegen Masse.

Die erste Frage wäre, ob die Z-Diode ausreichende Absicherung bietet, 
falls der Spannungsregler ausfällt. Dann liegen nämlich mal schnell 40V 
statt 12V an und das passiert auch recht häufig. Das ich den 
Spannungsteiler so anpassen muss, dass durch die Z-Diode kein zu hoher 
Strom fliesst ist klar.

Die zweite Frage, und da bin ich mir jetzt wirklich unsicher, ist, ob an 
einem Pin des Atmegas Spannung anliegen darf, wenn der Atmega keine 
Versorgungsspannung hat, jedoch an Masse angeschlossen ist. Tatsächlich 
ist er mir nämlich abgeraucht nachdem ich ihn auf einer 70km-Tour 
ausgeschaltet hatte (nur "+" getrennt), die DZM-Schaltung jedoch 
angeschlossen war. Beim nächsten Einschalten - tot.
Wird heiß, wird nicht mehr erkannt. Fertig. Ich kann nirgendwo 
Lötbrücken oÄ erkennen. Werde die Bauteile noch nachmessen, es gibt aber 
nirgendwo sichtbare Schäden (Lupe). Später werde ich dann versuchen, den 
Mega auszulöten und einen neuen einzulöten. TQFP44, selbstgeätzte 
Platine. Keine Ersatzplatine mehr. Wenn mir da die Pads abgehen ist 
feierabend. Und bevor mir dann direkt der nächste Controller abraucht, 
hätte ich gern gewußt, wo das Problem lag.

Falls es so ist, dass an den Pins kein Saft anliegen darf, wenn VCC 
getrennt ist, bin ich auch offen für Ideen. Ein Relais mit an VCC 
schliessen, welches dann das Lichtsignal auf die RPM-Schaltung lässt, 
wäre ne Idee. Jemand bessere?

Vielen Dank und Grüße,
Henning.