Mehrere ADC Kanäle simultan messen

Hallo, ich ahbe folgendes Problem:

Für mein DUO-LED Fahrradlicht betreibe ich zwei Step-Down Wandler für 
bis zu 1A und um das Tastverhältnis der PWMs zu regeln, möchte ich die 
Ströme über zwei 0,5Ohm Shunts gegen Masse mit 10-facher Verstärkung 
messen. Wenn ich einen einzelnen Kanal betreibe, funtkioniert die 
Schaltung. Wenn ich einen anderen betreibe auch, aber beide zusammen mit 
der Batterie Überwachung verfälscht das Ergebnis der Messung um den 
gefühlten faktor 10 nach unten.

Hier meine Interrupt Routine:

SIGNAL(SIG_ADC)
{
  if(ADC_COUNT)
    ADC_TMP+=(ADC<<1);

  ADC_COUNT++;

  if(ADC_COUNT>1)
  {
    switch(ADC_CHANNEL)
    {
    case(0):                  // BATTERY
      UBAT=ADC_TMP;
      ADC_CHANNEL=1;
      ADMUX|= 0b01001001;            // AREF/right/2-CH amp./10*ADC1->0
    break;

    case(1):                  // NEAR LED
      I1=ADC_TMP;
      if((I_SET>I1) && (OCR1A>400)){
        OCR1A--;}
      else if((I_SET<I1) && (OCR1A<1022)){
        OCR1A++;}
      ADC_CHANNEL=2;
      ADMUX|= 0b01001101;            // AREF/right/2-CH amp./10*ADC3->2
    break;

    case(2):                  // FAR LED
      I2=ADC_TMP;
      if((I_SET>I2) && (OCR1B>400)){
        REDOFF
        GREENON
        OCR1B--;}
      else if((I_SET<I2) && (OCR1B<1022)){
        REDON
        GREENOFF
        OCR1B++;}
      ADC_CHANNEL=0;
      ADMUX|= 0b01000111;            // AREF/right/8 unipol./ADC7
    break;
    }
    ADC_COUNT=0;
    ADC_TMP=0;
  }

  ADCSRA|= (1<<ADSC);                //start next Conversion*/
}

Ich verzweifle an diesem Fehler, vielleicht kann mir ja jemand einen 
heißen Tipp geben, was man beachten muss um mehrere Kanäle quasi 
parallel zu messen.

mfg Sönke