Timer Interrupt vs. LUFA

Hallo,

Ich möchte mit einem AT90USB1286 (16MHz Taktfrequenz) einen 
Frequenzgenerator (bis 16 kHz) realisieren, der auf den 16 Bit Timer 
basiert und nebenher noch einige andere Aufgaben erledigt. Unter anderem 
sollen auf Kommando Daten über den USB-Port gesendet werden. Die 
USB-Kommunikation habe ich bereits mit LUFA (CDC, virtueller COM-Port) 
realisiert. Das Erzeugen von Frequenzen funktioniert auch einwandfrei.
Jetzt zum Problem:
Wenn über den virtuellen COM-Port Daten ausgetauscht werden, dann werden 
die Interrupts disabled. Der Frequenzgenerator hat in meiner Anwendung 
allerdings die höhere Priorität. Ich möchte auf jeden Fall vermeiden, 
dass kurz vor dem Compare Match die Interrupts abgeschaltet werden und 
der Timer einfach weiterzählt.

Weiß jemand was ich da machen kann? Vielen Dank für eure Hilfe.
Matthias