AT90CAN32 - Zeitmessung zw. Flanken

Hallo!
Wir sind dabei mit einem Ultraschallsensor den Abstand eines 
Gegenstandes zu programmieren.
Bei einer fallenden Flanke sendet der Sensor ein Signal, ab dieses 
Zeitpunkt soll die Messung beginnen. Sobald der Sensor ein Echo empfängt 
zieht er das Signal wieder auf low. Dann soll die Messung enden und der 
Zeitwert in eine Variable zur weiteren Verarbeitung geschrieben werden.

Unser Problem: Das Programm geht bei einer fallenden Flanke in den 
Interrupt, allerdings stimmt mit unserem Timer irgendetwas nicht, TCNT1 
passt nicht.

#define TIM0_TOP        0x9B
#define TIM1_TOP        0x61A
uint16_t g_delaysens2_uint16 = 0xFFFF;


ISR(INT1_vect)
{

      EIMSK  &= ~(1<<INT1);
      EIFR |= (1<<INT1);
      g_delaySensor_uint16 = TCNT1;

}


Hat jemand eine Idee???