AVR (chip45) Soft vs. Hard Reset und LCD Reset per Software tut mal, mal nicht

Woran kann es liegen, dass das Resetten eines LCD (KS0066 o.Ä.) per 
Software funktioniert wenn ich den AVR per Knopf resette, wenn aber per 
Bootloader (von Chip45, ggf. Watchdog?) ein Neustart ausgeführt wird, 
wird das Display jedoch nicht korrekt initialisiert?

Die Initialisierung des LCDs umfasst auch das Setzen der DDR auf Ausgang 
und dann Ausschalten derselben (siehe Routinen im AVR-GCC Tutorial).
Auch, wenn ich sie probehalber vorher als Eingänge schalte (wie High-Z 
nach Reset), wird der Reset-Befehl anscheinend nicht erkannt (es wird 
Müll auf's LCD gechrieben).