Git: Zwei Branches ohne gemeinsamen Ancestor zusammentackern

Hi, gibt es eine möglichst automatische Möglichkeit, zwei Mengen an 
Branches, die über keinen gemeinsamen Commit verfügen, 
zusammenzurebasen?
Sichergestellt ist, dass es einen Commit aus Menge A gibt (der 
aktuellste) der dem root-Commit aus Menge B in dem Sinne entspricht, 
dass der Inhalt aller Dateien gleich ist.
Beispielsweise:

1-2-3-4-7-8  a-b-c-d-e
 \5-6/          \f-g-h

Soll ergeben:

1-2-3-4-7-8-a-b-c-d-e
 \5-6/         \f-g-h

wobei 8=a
Genauso ok wäre auch, wenn 8 und a zusammengefasst werden zu

1-2-3-4-7-8-b-c-d-e
 \5-6/       \f-g-h


Möglichst automatisch soll bedeuten, dass die Aufwandskomplexität, also 
die Anzahl benötigter manueller Interaktionen, in O(n) bezüglich der 
Menge an Branches und in O(1) bezüglich der Menge an Commits liegt.

Der Hintergrund ist, wir möchten ein Git-Repo umstellen auf Submodules 
und dabei einige Verzeichnisse in Submodule konvertieren und die History 
behalten.
Manche Verzeichnisse sind damals verschoben worden und wir möchten die 
Versionsgeschichten in ein einziges Submodul bringen.
Die Umwandlung von Verzeichnis nach Submodul ging per filter-branch 
--subdirectory-filter. Damit lässt sich wohl allerdings kein 
Rename-following realisieren, dh das filter-branch muss ich zweimal 
ausführen, für vor und nach dem Rename. Das führt zu besagtem Problem, 
die Versionsgeschichten zusammenzufügen.