Cypress PSOC5 Abhängigkeiten FPGA - uC

Hallo Experten,
hab mir das Cypress Eval Board CY8CKIT-050 angeschaut, als Alternative 
für kleines FPGA + kleiner Controller.

Was ich jetzt leider (blöd?) nachfragen muss zur 
Unabhängigkeit/Abhängigkeit von Controller und FPGA Teil: Angenommen ich 
hab einen HW-Input -> Clock-Sync -> Couter -> HW-Output (z.B. Überlauf). 
Dann sollte das nach meinem Verständnis ein "FPGA only" Teil sein. Wenn 
in der main.c absolut keine Initialisierungen, Schreibzugriffe o.ä. auf 
diese Komponenten auftauchen, darf ich dann annehmen das dieser counter 
Teil durchlaufen wird wenn z.B. der Controller einen Warmstart macht?

Was mich auch überrascht hat: hinter den grafischen Komponenten ist 
keine HW Beschreibungssprache sondern C, ist das bei den Actel Devices 
auch so?

Danke.
Gruß von Holger