Sinvoller Codeaufbau?

"sei" in einem Interrupt ist ein bisschen gefährlich, man kann sich dann 
nicht mehr sicher sein, dass nicht diese Routine wieder von demselben 
Interrupt unterbrochen wird und dann läuft man einen Stack Overflow.
Sollte man gar nicht erst anfangen.

40 Worte (Befehle?) pro Millisekunde ist nicht so viel, das sind bei 8 
Mhz 40/8000 = 0,5% Auslastung des Prozessors.
Natürlich könnte etwas anderes diese 40 Takte = 5 Mikrosekunden warten 
müssen, das hängt davon ab, wie zeitkritisch das wirklich ist.

Es gibt auch noch die Möglichkeit die Blinkroutine zu kürzen und mehr 
Logik ausserhalb zu platzieren, die Blinkroutine ermittelt nicht, was zu 
tun ist, sondern führt lediglich aus.

Fremder schrieb:

> muss. Parallel hierzu soll der uC aber seinen Status per Blinkmuster
> signalisieren. Diese Blinkroutine braucht aber auch etwas länger (~ 40
> Wörter).

Aus wievielen Befehlen die ISR besteht, ist egal. Entscheidend ist, wie 
lange das zur Abarbeitung braucht!

> Was viel zu lange für eine ISR ist, zumal andere Zeitkritische
> Interrupts auftreten können.

Ganz klar: Jobflags fürs Blinken.

Der andere Punkt:
Bei zeitkritisch, über wieviel Zeit reden wir da? Wieviele µs dürfen vom 
auftreten des Ereignisses bis zu seiner Behandlung in einer ISR 
vergehen.

Ich trau mich wetten, das das was du unter zeitkritisch verstehst recht 
wenig damit zu tun hat, was man bei vernünftiger Programmierung 
problemlos erreichen kann. Mit Warteschleifen in einer ISR (und sei es 
nur zum Blinken einer LED) gewinnt man hingegen keinen Blumentopf.

Siehe Multitasking. Das geht 1:1 auch in Assembler.