Stm32 PWM TIM1 TIM3

Hallo,

Ich hab jetzt ein "STM32f4 discovery" board.
ich versuche jetzt einen Motortreier über ein PWM-Signal zu steuern.
ich soll Taktsignal für den Motortreiber generieren, über zwei kannäle.
eine über den Timer1_Channal_4  PortE_Pin14
und eine Timer3_Channal_4 PortC_Pin9
Code
für Timer1 und Timer3

TIM_TimeBaseInitTypeDef TIM_TimeBaseStructure;
TIM_OCInitTypeDef       TIM_OCInitStructure;
TIM_BDTRInitTypeDef TIM_BDTRInitStructure;
RCC_APB2PeriphClockCmd(RCC_APB2Periph_TIM1, ENABLE);
P_SCCKL_InitIO(PWM_Motor);
GPIO_PinAFConfig(GPIOE, GPIO_PinSource14, GPIO_AF_TIM1);
TIM_TimeBaseStructure.TIM_ClockDivision = 0;
TIM_TimeBaseStructure.TIM_CounterMode   = TIM_CounterMode_Up;
TIM_TimeBaseStructure.TIM_Period        = TIM1_PERIOD;
TIM_TimeBaseStructure.TIM_Prescaler     = TIM1_PRESCALER;
TIM_TimeBaseInit(TIM1, &TIM_TimeBaseStructure);
TIM_OCInitStructure.TIM_OCMode      = TIM_OCMode_Toggle;
TIM_OCInitStructure.TIM_OutputState = TIM_OutputState_Enable;
TIM_OCInitStructure.TIM_OCPolarity  = TIM_OCPolarity_High;
TIM_OCInitStructure.TIM_Pulse       = TIM1_PULSE_CH1;
TIM_OC4Init(TIM1, &TIM_OCInitStructure);
TIM_OC4PreloadConfig(TIM1, TIM_OCPreload_Disable);
TIM_Cmd(TIM1, ENABLE);
TIM_CtrlPWMOutputs(TIM1, ENABLE);

N.B der Beispiel-Code ist hier nur für Timer1. Timer3 habe ich genauso 
Initialisiert.

wie auf dem Bild sehen sie leider unterschiedlich.
Hat irgendjemand eine Idee, woran diese komische effect liegen könnte.