Altera Hard Memory Controller unbenutzte Pins als I/Os ?

Was hindert Dich daran ein Test-Design mit Quartus zu kompillieren. Der 
sagt Dir sofort, ob Du die Pins als I/Os verwenden kannst oder nicht.

Ich konfigurier den HMC natürlich richtig und die pins auch. Ich weiß 
nur nicht ob die HMC Aktivierung irgendwie daue IO Verwendung verhindert

I.d.R. nicht. Um auf Nummer Sicher zu gehen solltest du immer ein 
kleines Testdesign bauen mit dem du dein Pinning überprüfst bevor die 
Leiterplatte entsteht. Das Design muss ja nicht komplett funktionsfähig 
sein, sollte die Eingänge allerdings auch einlesen, irgendwie verknüpfen 
und auf die Ausgänge etwas ausgeben damit verhindert wird dass die 
Optimierung zuschlägt.

Mach dir also ein Testdesign, jeden Spezialfall kann dir hier keiner 
vorhersagen.