PCI Gerät mit Mikrocontroller

hardwaremäßig: nimm eine passende PCIe-Bridge und halte Dich streng an 
die Layoutvorschriften. Das sind dann ohnehin alles mindestens 4 Lagen 
und BGA-Chips, mit Hobbymitteln wird das ohnehin nichts.

Siehe:
https://www.pcisig.com/specifications/pciexpress/

Softwaremäßig funktioniert PCIe wie PCI: Die Karte hat ein kleines 
ID-ROM (oft in Form eines seriellen EEPROMs realisiert, wo Vendor- und 
Device-ID drinstehen, Typ der Karte, und wie viele und welche 
Systemresourcen die Karte braucht (Adressräume, Interrupts, DMA,...) 
BIOS und/oder Windows lesen alle Karten aus und weisen ihnen dann 
Systemresourcen zu.

Im Windows-Treiber musst Du dann nach Deinen Karten per VID/DID suchen 
und bekommst dann vom Plug&Play die vergebenen Adressen genannt, die Du 
dann benutzen kannst.

Schau in der MSDN Library nach, und im Windows DDK, das Du ohnehin 
brauchst. Da gibts Beispiele. Ein halbwegs aktuelles Visual Studio ist 
erforderlich, und bei 64 Bit Windows eine Treibersignatur.

fchk