AtmelStudio 6.2 mit Arduino Boards

Atmel Studio 6.2 und ein Plug-In von "Visual Micro" zur Einbindung der 
Arduino Bibliotheken habe ich mir gestern installiert und dann der 
Installation weiterer gut abgehangener Software angesehen.

Ich kann jetzt auch Arduino-Sketches aus dem Atmel Studio heraus 
übersetzen lassen und auf z.B. meinen Arduino Pro Mini Klon laden.

Soweit so gut.

Kann ich denn jetzt auch so programmieren, wie Atmel es sich vorstellt 
und diesen Kode so übersetzen, daß ich ihn auf einem Arduino Board zum 
Laufen bringe?

Ich hätte als Arduino-Boards den Pro Mini Klon, einen Uno und einen Mega 
2560 zur Auswahl - nur falls sich einer davon besonders gut für erste 
Versuche eignet.

Warum ich das mache? Weil ich irgendwann einmal einen ATmega 1284 
(soweit ich weiß, der größte im handlichen DIP-Gehäuse) mit ein paar 
anderen Bauteilen auf einer kleinen, relativ hochintegrierten Platine 
betreiben möchte. Soweit man bei einer 2,54 mm Lochrasterplatine von 
"hochintegriert" reden darf.

Oder habe ich mich mit der Idee komplett verlaufen?