Auf Arduino .hex file flashen mit ISP AVRDUDE - Bootloader Probleme?

Ich frage mich gerade: Wenn ich einen Arduino bisher seriell mit Hilfe 
des Bootloaders / der Arduino IDE geflasht habe, dann wandert im 
Ergebnis eine compilierte .hex-Datei auf den Chip, und die Fuses auf dem 
Chip sind so eingestellt, dass für den Bootloader Platz ist.

Wenn ich jetzt ein .hex file woanders erstelle und auf den Arduino per 
ISP flashe, die Fuses aber unverändert lasse - muss ich irgendwo 
mitteilen, dass es noch einen Bootloader gibt und wie groß der ist? Also 
anders gefragt: wird das .hex file nach dem compilieren anders aussehen, 
je nachdem wie groß der Bootloaderbereich ist? Oder fangen die Adressen 
und alles andere sowieso nach dem Bootloader-Bereich immer wieder bei 
0000 an?

Ich hoffe, jemand versteht, was ich meine.. :-)