Dateiformat für Konfigurationssetup auf SD

Moin,

momentan lese ich eine Konfigurationsdatei als ASCII Datei auf einem 
Mikrocontroller über SD Karte ein. Die Datei ist sehr einfach aufgebaut:
Zeile1;Code;Daten;Daten;Daten.....
Zeile2;Code;Daten;Daten;Daten.....

Daten sind Zahlen, welche alle max. 16Bit einnehmen.

Der Mikrocontroller muss bei jedem Start die ganzen Zeilen lesen und 
alle ASCII-Zeichen in uint16 umformen.

Nachdem ich mir nun Gedanken zu einem Bootloader mache bin ich auf die 
Binär-files gestoßen. Hier scheint es ja stumpf aneinander gepackt zu 
sein.
Ursprünglich dachte ich immer, dass man die hex flasht. Ist aber ein 
anderes Thema.

Würdet ihr bei meiner Anwendung auch ein Binärformat bevorzugen?
Meine Konfigurationsdatei soll später über AES verschlüsselt werden. 
Hierzu muss ich beim Einlesen der Konfig die gesamte Datei durch die AES 
schieben und entschlüsseln. Die AES Einheit hat 4 Arbeitsregister je 
32Bit.

Als Datenmenge würde ich mal grob um die 20.000 16Bit Zahlenwerte, also 
40Kb anpeilen.

Es kommt mir nicht so sehr auf die Ladezeit oder den Overhead an - wenn 
allerdings die AES Einheit mit ins spiel kommt sehe ich hier eventuell 
schon einen ordentlichen konvertierungsvorteil wenn die Daten gleich 
binär geladen werden können und ich direkt 8 Zahlenwerte auf einmal 
entschlüsseln könnte. Sehr ihr das ähnlich?

PS: Die Konfigurationsdatei wird von einer Webplattform generiert. Da 
dies nicht mein Part ist müsste man hier schauen wie gut sich das Ganze 
binär ausgeben lässt. Aber das sollte wohl kein Problem sein?!