ATmega 2560: Pinsteuerung über Counter

Liebe Leute,

ich habe folgendes Problem:

Über den Timer 4 des Arduino Mega erzeuge ich eine PWM Signal, welches 
als Step-Signal an drei Schrittmotortreiber (A4988) geht. Die 
Schrittmotoren sollen unabhängig voneinander eine bestimmte Anzahl von 
Schritten zurücklegen. Dafür werden über 3 weitere Pins Enable-Signale 
an die Treiber gegeben.

Um die Belastung für die CPU möglichst gering zu halten, soll Timer 5 
als Counter das PWM-Signal als Clock-Source nutzen. Die Enable-Pins des 
Motortreibers sind an die Output-Compare Pins angeschlossen. Um eine 
bestimmte Anzahl von Schritten zu gehen, wird in das OCR5 Register der 
aktuelle Timerwert + die gewünschte Schrittzahl geschrieben. Wenn die 
Schrittzahl erreicht wurde und es zu einem Compare Match gekommen ist, 
wird der Motor über den Enable-Pin deaktiviert.

Soweit so gut, das funktioniert bereits. Allerdings nur beim ersten 
Counter-Match. Möchte ich jedoch mehrfach hintereinander den Motoren 
eine Schrittzahl vorgeben, scheitere ich daran, den durch die 
Output-Compare-Unit gesetzten Pin wieder zu löschen.

Ich weiß, dass ich den Pin über TCCR5C-Register im Toggle-Modus 
umschalten könnte, aber ich hätte gerne die Kontrolle darüber, dass der 
Timer den Motor nur aus- und nicht auch einschalten kann.

Gibt es eine Möglichkeit, den Ausgang des Waveform Generators (OC5x) zu 
beeinflussen ohne ein Compare-Match auszulösen?

Vielen Dank im Voraus!

Gruß
Joko