Startbedingungen für Protokoll

SPI benutzt noch eine weitere Leitung.
Ethernet benutzt eine Präambel bestehend aus 0-1 Übergängen (hängt aber
mit der Manchester-Codierung zusammen).
RS232 (und andere serielle Formate) triggern auf die fallende Flanke
des Startbits; sind allerdings auch asynchron...
Vielleicht solltest du noch ein Timeout/Watchdog hinzuziehen:
Sobald das Timeout aufgetreten ist, wird der Bit-Zähler zurückgesetzt.
Wenn sowas nicht hilft, liegt es an deinem (nichtangehängten) Programm.

sind die Byte-Grenzen verschoben oder ist die Reihenfolge der Bits ( LSB
 first vs MSB first)/Bytes (little endian vs big endian) vertauscht?

Startbedingungen zur Bytesynchronisation könnstest du beim SPI-Bus
(ChipSelect-Signal) oder beim I2C (Start condtion stop condtion)
abschauen.

Gruß

Die Bytegrenzen sind verschoben (gewesen)! Habe jetzt eine Lösung die
ich jedoch sehr umständlich finde. Was meint ihr!

// External Interrupt 1 service routine
interrupt [EXT_INT1] void ext_int1_isr(void)
{
// bei jeder positiven Flanke wird der DATA Port ausgelesen ob 0 oder
1;
// 8 mal 0 in Folge ist die Startbedingung für 6 gültige Bytes;

    if(PIND.4==1)     //DATA=1
    {
        wert=1;
        counter=0;
    }else{             //DATA=0
        wert=0;
        if(counter==8) //Startbedingung
        {
            counter=0;
            start=1;
        }
        counter++;
    }

    if(start==1)          //jetzt 48 Bit empfangen
    {
        empfang[t]=wert;  //Tabelle für 48 Bit
        t++;
        if(t==48)          //48 Bit empfangen alle Daten da
        {
            merker=1;
            start=0;
            t=0;
        }
    }
}

MAIN:
if(merker==1)
    {
        adr_1_8=(empfang[1]<<7       //adr1
                |empfang[2]<<6
                |empfang[3]<<5
                |empfang[4]<<4
                |empfang[5]<<3
                |empfang[6]<<2
                |empfang[7]<<1
                |empfang[8]);
          printf("%2x\n\r",adr_1_8);

und dann das Gleiche für die restlichen 5 Byte...

Oder du nimmst eine dritte Leitung, "Data enable". So mache ich das
z.B. Es ist zwar eine Leitung mehr, dafür aber ziemlich einfach und
praktisch.