VSCode, git und Unterverzeichnisse mit git

ich benutze VSCode und auch die eingebaute git Unterstützung und das 
funktioniert soweit gut.
Jetzt habe ich noch Unterverzeichnisse die selber ein eigenes .git 
haben. Diese werden in VSCode nicht von der Versionsveraltung in der 
Projectroot beachtet, das ist ok und soll ja auch so sein.
Ändere ich jetzt was in dem Untervereichnis mit dem eigenen git, dann 
finde ich keine Auswahlmöglichkeit um auf das andere git umzuschalten. 
Gibt es dafür eine Einstellung oder muss ich einen zweiten VSCode 
aufmachen um die Änderungen in dem Unterverzeichnis zu committen?
git Submodules werden von VSCode unterstützt, aber die sollen nicht 
verwendet werden.