Im CTC-Modus brauchste an TCNT1 überhaupt nix zu ändern! Das ist schon
genau das, was Du brauchst. Es gibt beim Mega16 zwei CTC-Modi, einen
mit OCR1A als Maximalwert und einen mit ICR1 als Maximalwert. Wenn Du
nur ein Signal erzeugen willst, dann ist es relativ egal, welchen der
beiden Du nimmst. Es wird einfach ein Maximalwert für den Zähler
definiert, bei dem der Zähler auf null zurückgesetzt wird. Wenn in
OCR1A der Maximalwert steht, dann kannst Du in OCR1B den Compare-Wert
einstellen. Wenn Du unbedingt den OC1A-Pin benutzen musst (weil die
Hardware vielleicht schon fertig ist), dann nimm den anderen CTC-Modus,
dann kannste auch OCR1A für den Compare-Wert nutzen.